A equipe chegou a participar do Campeonato Paulista de Futebol de 2009, porém sem vencer nenhum jogo da competição.

Na última 3️⃣ rodada, o Bahia acabou eliminado pelo Fluminense.

O técnico Dunga, sem deixar de jogar, foi demitido da equipe do time do 3️⃣ interior e substituído por Antônio Lopes.

No dia 12 de maio, o Bahia anunciou a volta do atacante Marquinhos para a 3️⃣ Seleção Brasileira, porém acabou sendo rebaixado para a Série C de 2010.Em

julho, o Bahia voltou a se inscrever para a 3️⃣ Série B do Campeonato Brasileiro de 2010.